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次世代测序

 NextGen的DNA测序 核心提供高品质,大规模并行,高通量测序服务,覆盖广泛的生物学研究中的应用,包括转录组分析,靶向基因组和变量分析中,微生物分析,表观遗传学,和 从头 基因组组装。核心采用最新的仪器,包括pacbio续集,和Illumina公司miseq,nextseq和hiseq3000平台。从许多应用程序库建设服务适用于所有平台。我们鼓励客户核心人员协商选择解决具体的研究问题最好的实验方法和仪器平台的目的。

在NGS-SR,在ufhcc之间的伙伴关系 UF跨学科生物技术中心研究(ICBR),是该地区的癌症遗传学研究园区(CGRC),并提供 ufhcc成员 获得国家的最先进的仪器和用于支持基础,转化和临床癌症研究活动的战略目标的科学和基因组为基础的影响力进行研究,研究的技术专长。

综合NGS服务包括DNA结构和基因变异分析中,微生物宏基因组和分析,转录组测序,染色质修饰和表观遗传学。在NGS-SR进行DNA文库制备和质量评价,大部分测序分析的利用Illumina短阅读DNA测序平台。对于需要较长单个分子更复杂的应用阅读长度等RNA剪接分析,pacbio续集仪器是可用的。无需对单细胞分析的研究人员的访问可以利用NGS-SR在10X基因组学平台铬故障排除员工的专业技能。

该NGS-SR工作紧密结合 ufhcc BQS-SR ICBR和生物信息学,以简化切换原始测序数据的用于下游分析。在NGS-SR的工作时间是上午8点到下午6时。周一至周五。研究人员必须获得CrossLab NGS用户帐户来访问服务。 ufhcc成员受益于所有的优先服务。产生从仪器直接转移到ICBR的本地安全的存储环境,并且同时上传到Illumina的basespace序列毂(基于云的基因组学的计算和存储平台)允许ICBR提供分析的工作流程的一个更宽的阵列中的所有数据,和QA / QC为Illumina的数据。反之,PacBio本地分析了PacBio的SMRT链接,只ICBR访问的系统数据。随后,数据集被编译成统一的,并使用苍白球,网格FTP数据传输平台,允许以快速的方式非常大的数据集的交付,同时保障数据的安全性和完整性)或硬件加密的硬盘驱动器发送给客户的交付物。